朱元璋回到宫中，还是怒气不息。马后早已得到消息，上前谏道:“惟庸该死。可是受牵连的，都是跟圣上出生入死的功臣，请圣上看在他们的血战功勋上，手下留情。”

    朱元璋睁大眼睛，看了她半晌，大声说:“手下留情?斩草不除根，来春又发生，不把那些不安分的杀一个净，你这个皇后也做不长!”

    不过十天，就杀了一万多人。其中有个宋璇，是太子的师傅翰林学士宋濂的儿子，因此七十二岁的宋濂也被拿到元璋面前。朱元璋提起笔来，批了一个“死”字，就命押到狱中，等候行刑。

    朱元璋退朝回宫，马皇后谏道:“百姓人家替儿女请了个老师，尚且始终尊敬;宋濂教育过皇子，还请圣上保全。”

    朱元璋道:“他是逆臣的家属，怎么能饶!”

    马皇后道:“宋濂老了，早就在家休养，一定不知道他儿子干的事情。”

    朱元璋拍了一下桌子道:“这等事情，你们女人家不要多管!”

    马皇后听了，低头不响。

    说话之间，开出饭来，马后默默地吃了半碗粥，就放下筷子。朱元璋问道:“你，今天为什么不喝酒，不吃肉?”马皇后哽咽道:“听到宋先生要受死刑，心里惨痛，怎么吃得下”。

    朱元璋听了，暗想:宋濂一向小心恭敬，现在又这大把年纪，不放留着料也不妨;可是想到文人心眼活络，诡计多端，又有点不放心。朱元璋搁着筷子，半天没有说话。朱元璋抬起头来，看见马皇后两眼落泪，才叹了口气说:“我为你饶了他。”便叫太监传旨:“教了宋濂死罪，交给茂州地方官看管。”

    自从出了这一案，朱元璋觉得臣下威机太重，十分危险，索性废了宰相，大小事件都亲自动手。又令太子帮助办理，让他学习做皇帝。

    朱元璋决定除掉不顺眼的人，给子孙拔去祸根，因此接连又杀了不少功臣。可是太子是个软心人，遇到杀戮的案件，总是颤着手不肯落笔。朱元璋看了，只是暗暗叹气。

    洪武十五年八月，马皇后得了重病，请医服药，毫无效验。朱元璋与她患难夫妻，坐在床前，问她有什么遗言。马皇后流泪道:“但愿圣上亲近贤人，听从忠言，多保全，少杀戮。”

    又把太子叫来，叮嘱道:“圣上与我都是吃尽千辛万苦来的。鄱阳湖决战的时候，胜败未定，我怀抱着你，提心吊胆，只怕死无葬身之地....”说着，喘得透不过气来。

    她从枕下拿出一轴画来，说:“多亏将士们舍生忘死，流了多少热血，抛了多少头颅，才击破陈友谅，立下了基业。事后我画成了这幅图，你看了就知道创业的艰难。”

    太子跪在床前，哭着接了。马后叹道:“当初出生入死的将士，如今有好多已经得罪丧身了。我死以后，你要体谅我心，在圣上动怒的时候，多多劝说，保全创业的功臣。”

    第二天，马皇后死了。朱元璋悲痛得好几天没有上朝，从此以后，遇到动杀心的时候，想起马后的遗言，也放松了不少。