四月二十五日，燕军与南军在灵璧附近进行主力决战。此战燕军几乎集结了所有精锐兵将，而南军方面最能打的将领之一徐辉祖却被调回了南京。燕军依靠骑兵优势骚扰南军粮道，南军的普通将领毫无办法，迫不得已，由平安亲自率兵护卫粮草。

    四月二十七日，朱棣亲率精锐袭击平安，将其与南军主力一分为二。南军何福等部全力救援，却被燕军伏兵击退。

    戏剧性的一幕再次出现，南军原本计划于二十九日凌晨突围，以三声炮响为号；但燕军也计划于二十九日凌晨发动总攻，同样以三声炮响为号。

    结果，当燕军总攻的炮声响起，南军以为是己方的突围信号，纷纷夺路而逃，南军指挥完全失灵。燕军趁势进攻，南军几乎全军覆没。

    此战除何福等少数人逃跑之外，南军被俘将领三十七员，四名宦官，朝廷大员共一百五十多人。降兵、战马、装备物资等不计其数。

    此后，燕军在江北，再无敌手。半个多月的时间，泗州、盱眙、扬州、高邮等或被攻克，或直接投降，燕军把战线推进到长江一线。

    这次，建文帝方面是彻底怕了，派出庆城郡主（朱棣的堂姐）来谈判，想要割地求和。面对如此局势，朱棣自然是不可能答应，和谈失败。

    与此同时，南京方面，很多心思活泛的官员将领，有了自己的小九九。

    比如这位，李景隆。

    李景隆两次进攻燕军失败，损兵折将，回到南京后，遭到御史大夫练子宁、宗人府经历宋征、御史叶希贤等人的轮番弹劾，就连当初举荐他的黄子澄也请求诛杀李景隆。对此，朱允炆一概不听。

    等到朱棣大军逼近南京，建文帝竟然令李景隆与兵部尚书茹瑺、都督王佐到燕军军营请和，表示愿意划江而治。

    划江而治自然是不可能的，朱棣与心腹众人商议，众人认为李景隆可以争取，朱高煦又提起自己的舅舅徐增寿与小姨徐妙锦仍在南京，朱棣最后决定自己与众将缠住茹瑺、王佐，让朱高煦偷偷去接触李景隆。

    见到李景隆，朱高煦大步走上去，握住李景隆的手：“李兄，好久不见！”

    李景隆虽然一惊，但是因为来之前已经做了多个预案，惶恐道：“岂敢岂敢，罪臣当年一时糊涂，冒犯之处，还请殿下恕罪！”

    朱高煦继续说道：“现在南京城危在旦夕，李兄要为以后，多做打算啊。”

    李景隆再拜，道：“罪臣愚钝，还请殿下明示。”

    “现在有两件大功，只是不知李兄敢不敢拿。”

    “什么大功？赴汤蹈火，罪臣万死不辞！”

    “这其一，南京城高墙厚，还有多重瓮城，如果硬拼，我大明双方必将损失惨重，你我皆会成为千古罪人。所以，如果李叔能够打开城门，放燕军入城，那就是救我百万大明军民于水火，此乃天大的功劳。”朱高煦这一套说辞，站在建文帝的立场上，自然是强词夺理，但是站在整个大明，整个中华民族的立场上，并不能算错。

    “这其二，李叔知道我们家吧，在外面自然是我父王说了算，可是，关起门来，那做主的可是我娘。现在，我小舅和小姨都在南京城中，若是李叔能保他们无恙，这又算一大功。有此大功两件，于公于私，于我大明，于我华夏，李兄均可称大英雄！”

    李景隆这两年被各种看不起，现在一下子被抬到那么高，虽然明知对方说的不全是真话，但是心底还是高兴的。另外，这两件大功，也的确是在燕王一家卖了大人情。李景隆知道，建文帝大势已去，这种时候，“精明”的李景隆，下定了决心。

    六月初，燕军逼近南京，朱允炆让很多大臣拿着重金出去募兵，但是这些大臣基本都卷款潜逃了。朱允炆只好让各勋贵子弟把守城门。徐增寿原本打算做点什么，被李景隆阻止。

    六月十三日，朱棣大军抵达金川门下，李景隆、谷王朱穗联合手下士卒，开城投降，南京城破，皇宫燃起大火，但最终找到的几具尸体已经烧焦了，不能辨认，建文帝生死成迷。

    燕王进入京城，大部分文武百官纷纷跪地相迎。朱棣抱着“疑似”建文帝尸体大哭，“侄儿啊，你怎么这么傻啊，叔叔是来帮你的！”群臣拥立朱棣即位，朱棣再三推辞后，“勉为其难”的即皇帝位，史称明成祖。

    齐泰、黄子澄作为“削藩”的始作俑者，无论如何都逃不过身死族灭。

    方孝孺当了出头鸟，大骂朱棣，成为第一个被“诛十族”的人。（但因为未被记录在正史上，不少人认为此处存疑）

    铁铉同样宁死不屈，被虐杀至死。但铁铉的家人并未被诛杀，而是或被流放、或被藏匿。可见朱棣对铁铉亲属并未下死手。

    史书记载的建文旧臣，被诛杀者有几十人，牵连被杀、流放、充入教坊司者甚众。

    朱高煦的大舅徐辉祖因为始终不肯投降，被下狱，但靠着徐妙云的面子，活了下来。

    之后，朱棣又大封功臣和追封阵亡功臣。而一些有功的建文旧臣，如李景隆等亦有封赏。

    至此，持续三年多的“靖难之役”宣告结束。

    朱棣上位之后，首先就是全盘推翻了建文帝，比如凡是建文年间被贬斥的官员，一律恢复职务；建文时期更改的成法，全部恢复旧制；建文年间制定的各项法律规定，凡是与太祖相悖的，一律废除。并大赦天下，除了犯谋反、大逆，谋杀祖父母、父母等重罪不赦外，其余罪无大小，通通赦免。但一些有利于民生的规定也被废除，如建文二年下令减轻洪武年间浙西一带的极重的田赋，至此又变重。

    朱棣上位，可以说是有人欢喜有人愁。

    朱棣这样做，根本的原因还是朱棣上位不合法，需要最大程度的削弱建文朝的影响力。但是做法，有点过于简单粗暴，虽然笼络了很多人，但同时也得罪了很多人。