前秦的军队很快就兵不血刃地攻克了重城寿阳，谢玄在距离战场二十五里外的地方驻扎，但由于畏惧敌军的强盛，暂时不敢前去进攻。

    苻坚派遣之前俘获的朱序前往晋军招降，朱序趁机向谢玄等人告密说：“前秦的百万大军尚未集结，应当趁现在将他们的先锋部队打败，如此才能大获全胜。”

    之后刘牢之渡水大破前秦军队，杀敌一万五千人。苻坚这才开始感到不安，他登上寿阳城眺望时，慌乱之间甚至误将对面山上的草木都当成是敌人，从而流传出了“草木皆兵”的成语，然后对身旁的苻融说道：“是谁说东晋弱的，我看他们明明是劲敌。”

    383年11月，淝水。

    前秦的军队紧靠水边摆下阵势，使得东晋士兵不得渡过。谢玄派遣使者对苻融说：“您孤军深入，却死守淝水导致双方长时间不能交战。还不如后撤一些，使我们进军能够渡河，双方再一决胜负，打个痛快。”苻坚和苻融也都想引诱晋军渡河，等到他们行进到一半使再施以突袭，于是挥舞战旗指挥军队后退。

    结果秦军才刚一后退就莫名其妙地开始大乱，好像中邪了一般一发不可收拾，无数士兵无故溃逃。原来，是朱序趁前军后退时突然大喊：“秦军战败了！”还联合之前同样被苻坚赦免的前凉君主一同散播谣言，煽动军中非氐族的士兵一同反叛——苻坚的好心，终究没有好报。

    而谢玄看到前秦军乱，知道朱序计策成功，立刻率兵渡过淝水大败秦军。苻融眼见兵败如山，想要赶紧重整齐鼓，然而不知为何战马突然跌倒，自己也被赶来的晋军杀死——可能他的身边也早已布满反叛之人。秦军更加混乱，互相践踏的士兵数不胜数，尸骸堆满了山野河川。逃走的士兵听到刮风和仙鹤鸣叫的声音都以为晋军追来了，日夜不敢休息，一路逃亡——这就是成语“风声鹤唳”的由来。此役，十分之八的秦兵全都死去。

    苻坚自己也身中流矢，一个人骑马逃往了北方，途中没有饭吃十分饥饿，多亏爱戴他的百姓准备了汤泡饭和猪骨头给他，而且始终拒绝的赏赐。苻坚不禁转头对自己夫人哭诉道：“我实在无颜再面对这些忠诚的子民。”

    此时的谢安正在和宾客下棋，突然收到了前线捷报，但他却如同往常一样淡然，没有一点欣喜之色。宾客询问他是什么消息，他也只是慢条斯理地说：“没什么，就是小辈们已经击败了入侵的贼人。”直到返回卧室后，谢安才喜形于色，甚至连脚下的木屐坏了都没发觉。可惜此役过后，谢安由于名望声誉均达顶峰，遭到了晋孝武帝的猜忌，逐渐将他疏远出了朝廷。

    其实东晋的军力放眼整个时代都是薄弱的，别说对抗百万秦军，就是同等兵力之下都居劣势，但为什么能击败所向披靡的前秦呢？原因有三：首先就是苻坚的个人能力有限。他的辉煌全靠王猛铸就，王猛死了，前秦的衰败也就可以预见了。其次，百万大军本就过于庞大不好调配，而前秦这边，邓羌、王猛业已去世，吕光远征西域，只剩苻融一个可靠的将领，所以出现混乱。第三，就是老生常谈的民族融合问题。苻坚为了显示对所有子民的一视同仁，一再降低氐族在政权中的参与比例，然而直到最后才发现，只有氐族人才是与自己一条心，其他各族都唯恐天下不乱，一旦军中氐族精锐被瓦解，他们就会作鸟兽散。而苻坚每当俘获敌军将领或重臣又一概不杀，还让他们继续担任统帅要职，使得各民族在军中都保留了完整建制而形成“国中之国”，时刻等待着反叛。所以淝水之战中，当晋臣朱序里应外合地发起叛乱时，其他各族也都心领神会的同时发难，致使百万大军瞬间四分五裂，各族重归各族。

    前秦各路军队皆已溃散，唯有慕容垂的三万士兵完好——可见他在淝水之战中没有怎么出力。于是苻坚便跑去投奔他。几乎所有人都劝慕容垂杀掉苻坚，吞并前秦基业，包括他的儿子和弟弟，因为这对于此时的他们来说轻而易举，然而慕容垂却始终拒绝：“秦王待我恩重如山，在我无处容身之际亲身接纳，又在王猛数次想要杀我之时伸以援手。就算上天要灭亡氐族，我也只会招抚东边的士民恢复我们燕国本来之基业，函谷关以西属于秦王的地盘我终身不会占取。”还将自己掌管的所有军队都交给了苻坚。

    苻坚是个理想主义者，他的所做作为从现实来讲完全不合理，甚至有些接近大慈大悲的菩萨，比如对于叛臣降将的戒杀，对于任何人都无条件地信任，他的失败也证明了菩萨心肠在政治斗争众是无法生存的。然而慕容垂也同样难得的令人感动，他的可贵之处就在于始终没有因为功名利益而泯灭了人性，他这么一个惊世之才，一个时时刻刻都想复国建功之人，竟然放过吞并敌国的最好时机，只因心中还残存着对旧主的感恩。他的行为同样不合常理，甚至拥有像苻坚一样超脱现实的慈悲，然而却体现出了一个有血有肉的人格，而非冰冷的“政治机器”。

    之后慕容垂请求前往北方招抚败军，苻坚答应了，有臣子劝他说：“国家刚刚战败，四方都有离散之心，您应将名将尽数安置于自己身边以稳固根本。慕容垂智勇过人，且世代都是北方豪杰，恐怕此去必然不会再返，函谷关以东的祸乱恐怕就要开始了。”苻坚不听，还将好不容易集结起来的十万兵马全部分散，让他们分别戍守在河北、山西、河南。

    苻坚的儿子苻丕也担心慕容垂反叛，于是派遣数千氐族士兵跟在他身边监视，正赶上苻坚派遣慕容垂前去讨伐叛乱，慕容垂便对身边的氐族士兵说：“现在贼寇与我们的距离不远，我们应当白天休息，晚上行军，这样才能出其不意。”众人都认为有理。等到晚上，慕容垂特别安排长子慕容宝带领士兵走在前方，自己与小儿子殿后，好让氐族士兵夹在中间，然后他一声令下，所有部署同时前后夹击氐族士兵，成功将他们尽数杀光。

    当时慕容垂的几个儿子都在前秦担任要职。听说他反叛，便迅速从四面八方带领士兵集结而来，助他迅速渡过黄河前往荥阳（河南）。之后慕容垂成功重建了燕国朝廷并称王，成为了五胡十六国中“前燕”之后“后燕”的开国之君。于是前来归附之人络绎不绝，步兵、骑兵都风起云涌般相聚而来。

    得知情况的苻丕赶忙派遣一万骑兵前去讨伐，后燕的将领商议道：“前秦士兵装备精良，我们的将士看到后难免畏惧，不如等晚上看不见的时候再去进攻。”于是趁夜出兵大败了前秦军队。慕容垂不想与苻丕敌对，写信劝苻坚早日将苻丕调回长安，不要做无谓的抵抗，却遭到了对他忘恩负义行为的指责。

    苻坚对于慕容垂的背叛既震惊又愤怒，只得把慕容玮叫来跟前倾诉：“你们慕容家的亲族把事情做到这个地步，真可谓人面兽心！”慕容玮吓得连连磕头，以至磕出了血，哭着谢罪。然而仁慈善良的苻坚还是没有忍心怪罪他，待他还像从前一样。

    前秦的军队接连挫败，人情早已骚动不安，各地也都开始蜂拥割据。地处陇西（甘肃）的乞伏鲜卑，之前迫于前秦的威慑而投降，等到苻坚进攻东晋，将他们的首领乞伏国仁任命为将军，让他率领先锋骑兵。等到前秦战败，乞伏国仁也开始有了反叛之心，逐渐吞并周边部族，部众超过十万，最终建立了五胡十六国中的“西秦”。

    羌族的姚苌也蠢蠢欲动，同样前往陕西、甘肃地区煽动一批豪强拥立自己为王，建立了五胡十六国中的“后秦”。之后他率兵在北地（陕西）驻扎，有十万户羌族背叛前秦来降。