桓玄在三月攻入建康后，自置为太尉、平西将军、都督中外诸军事、扬州牧、领豫州刺史。另外又加衮冕之服，绿綟绶，增班剑至六十人，剑履上殿，入朝不趋，赞奏不名的礼遇。

    四月，桓玄出镇姑孰，辞录尚书事，但朝中大事仍要咨询他，小事则由朝中的桓谦和卞范之决定。

    这一次掌握了朝堂权力的桓玄，可不仅仅只满足当一个权臣。

    首先，他开始剪除自己潜在的威胁，先后杀害了吴兴太守高素、竺谦之、高平相竺朗之、刘袭、彭城内史刘季武、冠军将军孙无终等北府军旧将，以图消灭北府军势力。

    另一方面，又下诏全国避其父桓温名讳，同名同姓者皆要改名，又赠其生母马氏为豫章郡太夫人。

    北府军众将，因为刘牢之屡次反叛，而离心离德。可是面对桓玄的不断逼迫，肆意加害，导致人人自危，于是他们私下里悄悄联络，相互依靠，等待时机。

    大亨元年（403年），桓玄迁大将军，又上请率军北伐后秦，但随后暗示朝廷下诏不准。

    桓玄本身就无意北伐，于是装作尊重诏命的姿态停止了动作。同年，桓伟去世，桓玄感到孤危，于是打算加快篡位。

    桓玄让朝廷任命自己为相国，更划南郡、南平郡、天门郡、零陵郡、营阳郡、桂阳郡、衡阳郡、义阳郡和建平郡共十郡封自己为楚王，加九锡，并置楚国国内官属。

    及后自解平西将军和豫州刺史，将官属并入相国府。桓玄的不臣之心，此刻昭然若揭，已经开始走篡位流程了。

    东晋王朝虽然有各种问题，但它毕竟存在了这么久，桓玄在没有足够威望和实力的情况下，妄图取而代之，自然引起了很多人的不满。

    毕竟，大家原来都是臣子，你桓玄凭什么改朝换代，有足够的威望吗？有足够的军功吗？

    于是，原为殷仲堪党众的庾仄起兵七千人反抗，趁着接替桓伟的荆州刺史桓石康未到任时，袭取襄阳，震动江陵。不过，没过多久便被桓石康等人平定。

    除了在政治上迈出篡逆的这一步，桓玄还命人报告祥瑞出现，同时让皇甫谧六世孙皇甫希之假扮高士，想要以此来提高自己的威望，以及营造出一副天命所归的样子。

    大亨元年（403年）十一月，桓玄加自己的冠冕至皇帝规格的十二旒，又加车马仪仗及乐器，以楚王妃为王后，楚国世子为太子。

    十一月十八日，由卞范之写好禅让诏书并命临川王司马宝逼晋安帝抄写。二十一日，由司徒王谧奉玺绶，将晋安帝的帝位禅让给桓玄，随后迁晋安帝至永安宫，又迁太庙的晋朝诸帝神主至琅邪国。

    及后百官到姑孰劝进，桓玄假意辞让，官员坚持劝请，桓玄于是筑坛告天，于十二月三日正式登位为帝，并改元“永始”，改封晋安帝为平固王，不久迁于寻阳。

    此时，东晋暂时宣布灭亡。

    桓玄虽然凭借着威势取代了司马氏，可朝廷官员、将领士卒、地方豪强、平民百姓，不乏暗怀不满者，只是敢怒不敢言而已。

    元兴三年（404年）晋陵郡，丹徒县，京口

    十二岁的刘义之终于脱离苦海，他那个征战四方的老爹回来了，不过却显得有些心事重重。

    嗖，嗖。

    箭矢飞射而出，贯穿了野鹿的脖颈。

    “将军神射。”跟在身旁的陈巨笑着说道，遂上前拾取猎物。

    眼看身边就只有父亲、和舅父臧熹，刘义之试探着问道：“父亲可是为了身家性命而忧虑？”

    听到这话，刘裕瞥了一眼四周，开口训斥道：“你个小孩子，不要因为言语而招致祸患。”

    “哦，义之，你说说为什么有身家性命之忧。”臧熹不拿刘义之当一般的小孩子看待，于是认真的问道。

    “自从刘将军死后，在北府军中，就数父亲的威望最高，自然有人担心父亲会对他们的权势造成影响。”听到这话，刘裕与臧熹相互对视一眼，显然很是吃惊。

    臧熹笑了笑，说道：“我早就说过，义之不是一般的孩子，姊夫，你应当多为他考虑考虑。”

    说到这，臧熹意味深长的望着刘裕。

    是的，随着地位的升高，刘裕也察觉到了政治斗争的险恶。骁勇善战的北府军，一直被朝堂的当权者所忌惮，毕竟一把不受控制的利刃，谁都会畏惧。

    桓玄除掉刘牢之后，对于北府军将领的打击一直没有减弱，高素、竺谦之、竺朗之、刘袭、刘季武、孙无终等北府军旧将，一个个被害，也有不少将领选择出逃，投奔后秦。

    对于这种情况，刘裕自然是深感忧虑，桓玄之所以没有对他动手的原因，不外乎天师道叛乱还要倚仗他，再加上他在军中威望甚高，受到士卒拥戴。

    对于北府军，桓玄也是温水煮青蛙，一点点削弱，毕竟要是逼得太狠，直接引起叛乱，那可就大事不妙了。

    “父亲，当断不断，必受其乱，像你这样的大英雄，应当有更大作为。”刘义之开口挑逗道。

    “你个孺子，不可胡说。”刘裕虎着脸教训道。

    游猎过后，刘裕将臧熹叫到内室，手握佩剑，目光炯炯的说道：“这柄宝剑，是孙无终的佩剑，每当看到这把剑时，我就会伤心到不能自已。”

    说完，将宝剑交给臧熹，又继续开口说道：“你带着这把宝剑秘密去见刘毅，告诉他，高素、竺谦之、竺朗之、刘袭、刘季武、孙无终都被害身亡，这样下去，迟早会轮到我们，我已决定起兵推翻桓玄，恢复晋室。”

    “诺。”臧熹郑重的答道，转身离去。

    房间内只剩下刘裕一个人了，昏暗的烛光，映照着他那毫无情感波动的眼眸。

    去年，刘裕追讨孙恩时，何无忌就曾劝他起兵讨伐桓玄。不过当时，桓玄并没有篡位，不像现在这样，惹得群情激愤，所以刘裕没有答应。

    桓玄称帝之前，曾派人询问过刘裕支不支持，他也没有直接反对。

    桓玄称帝后，何无忌又来找刘裕，希望他带领北府军众人起兵，刘毅、诸葛长民、王懿、孟昶、檀凭之等人，皆愿遵从他的号令，刘裕仍有些犹豫，没有答应。

    不过，今日他心意已决，要把命运掌握在自己手中，之前万般隐忍，是时候露出锋利的獠牙了。

    次日清晨，刘义之在父亲亲信士卒陈巨的指导下，练习射箭。

    刘裕看到儿子，奋力拉开弓弦，紧接着，嗖的一声射在箭靶之上，来回几次，乐此不彼，忍不住开口提醒道：“练习箭术，要张弛有度，切不可一味逞强，损伤到身体。”

    刘义之笑着答道：“父亲放心，陈叔已经将发力技巧传授给我了。”

    “将军且放宽心，有我在，小郎君不会有事的。”陈巨赶忙开口解释道。

    历史上的刘裕，对待政敌，他心狠手辣，对于外人，他多加防备。但是，对于自己的亲人，他又是极度的信任，委以重任。

    这或许是时代的影响，毕竟有东晋王朝的前车之鉴，那些世家大族什么德行，他太知道了。